Die Sammlung des Museion setzt Anfang der 90er Jahre ein. Sie besteht einerseits aus den rund 2500 Erwerbungen, die von Beginn der 90er Jahre bis heute mit Mitteln des Landes Südtirol durchgeführt werden konnten, bzw. aus einzelnen Schenkungen. Andererseits sind zwei bedeutende Privatsammlungen in den Museumsbestand eingegangen: Im Jahr 1999 gelangte das rund 2000 Werke umfassende Archivio di Nuova Scrittura (ANS) des Unternehmers Paolo Della Grazia als Leihgabe für zwanzig Jahre ans Museion. 2008 übergab der Sammler Enea Righi dem Museion für zehn Jahre 50 bedeutende Werke aus seiner Sammlung als Leihgabe. Die bestehende Sammlung ist Spiegel der Ausstellungstätigkeit des Museion. Sichtbar werden der grundsätzlich internationale Anspruch, der eine Integration eigenständiger, aus der Region hervorgegangener Positionen vorsieht, sowie einzelne inhaltliche Schwerpunkte. Diese Schwerpunkte, welche die Sammlung charakterisieren und von anderen Sammlungen unterscheiden, haben sich im Lauf der Jahre herausgebildet und sind weiter zu entwickeln.

Bereiche:
1. Malerei
2. Grafik
3. Language in Art
4. Die Sammlung Archivio di Nuova Scrittura
5. Nouvelles Tendances
6. Light - Licht in der Kunst
7. Dreidimensional
8. Kleines Museion
9. Foto/Video
10. Die Sammlung Enea Righi