Museion – museo d’arte moderna e contemporanea di Bolzano è stato fondato nel 1985 da un’associazione culturale. Nel 1987 inizia la sua attività nell’edificio del vecchio ospedale di via Sernesi con la direzione di Pier Luigi Siena e la presidenza di Karl Nicolussi-Leck.

In questo periodo il museo ospita importanti personali dedicate, tra gli altri, ad Afro, Arnulf Rainer e Lucio Fontana, Gerhard Richter, Alberto Burri, Markus Lüpertz.
Nel 2000 assume la carica di Presidente Alois Lageder; cresce nel tempo la visione di un museo come luogo di discussione e un laboratorio per la produzione di opere d’arte. Con la direzione di Andreas Hapkemeyer (2000 – 2006) il museo apre un focus sul tema delle strutture linguistiche nell’arte.

Fra le mostre realizzate nella storica sede di via Sernesi si ricordano, fra le altre, le personali dedicate a Matt Mullican (2001), Raymond Pettibon (2003), Eija-Liisa Ahtila (2003), Hamish Fulton (2005), Roni Horn (2006) e le collettive Flirts. Arte e pubblicità (2004), Light Lab (2005), Group Therapy (2006) e Deutsche Wandstücke (2006). Dal 2006 il museo è una Fondazione promossa dalla Provincia Autonoma di Bolzano e dall’Associazione Museion. Nel 2007 viene nominata direttrice della Fondazione Museion Corinne Diserens.Nel periodo della sua direzione il museo si trasferisce nel nuovo edificio di via Dante, progettato dallo studio d’architettura berlinese KSV – Krüger Schubert Vandreike.

La nuova sede, un’architettura dal forte impatto visivo, caratterizzata da grandi facciate trasparenti che mettono in comunicazione centro storico e città nuova, viene inaugurata nel 2008 con la mostra Sguardo periferico e corpo collettivo curata da Corinne Diserens.

Dalla fine del 2008 la Fondazione Museion è diretta da Letizia Ragaglia. Nel 2010 la Provincia di Bolzano nomina Presidente della Fondazione Marion Piffer Damiani, storica dell’arte e curatrice. 
Con la direzione di Letizia Ragaglia, Museion propone numerose mostre personali con un focus sulla scultura nel senso più ampio del termine, che sfocia nell’installazione anche mediale. Si ricordano le personali di Monica Bonvicini (2009), Isa Genzken (2010), Gabriel Kuri (2010), Valie Export (2011), Teresa Margolles (2011) e Carl Andre (2011). Accanto alle mostre temporanee Museion propone approfondimenti e mostre tematiche sulla propria collezione. 
Nel corso degli anni Museion si è fatto inoltre promotore di iniziative volte a portare l’arte contemporanea al di fuori delle proprie mura. Si ricordano, fra gli altri, il progetto Percorsi di Luce (2000), le bandiere di Matt Mullican nella città di Bolzano (2001), la presentazione Lascaux III di Thomas Hirschhorn davanti a Museion, così come l’installazione Wirbelsäule (Colonna vertebrale) di Carl Andre e il Piccolo Museion di Alberto Garutti, spazio espositivo permanente ospitato nel quartiere don Bosco di Bolzano.