La collezione di Museion nasce all’inizio degli anni novanta ed attualmente comprende circa 4250 opere. I direttori che si sono succeduti e che hanno dato un’impronta al patrimonio museale attraverso la politica degli acquisti ed espositiva, hanno individualmente contribuito all’indole peculiare di questa istituzione.
Agli inizi il focus era principalmente rivolto agli artisti delle avanguardie italiane con una forte apertura verso l’area mitteleuropea tra cui citiamo come esempio Carla Accardi, Afro, Agostino Bonalumi, Günter Brus, Enrico Castellani, Markus Lüpertz, Achille Perilli, Arnulf Rainer, Hans Staudacher, Emilio Vedova.
Nel corso degli anni il museo ha acquisito un profilo specifico anche grazie alla costituzione di diversi nuclei tematici all’interno del patrimonio, la cui costruzione è tuttora aperta e soggetta a continue modifiche e integrazioni.
Nella collezione sono degne di nota un insieme importante di opere luminose, rappresentate da nuclei storici quali Gruppo N e Gruppo Zero, o da singole personalità artistiche come Mario Airò, Alberto Biasi, Otto Piene, Rosemarie Trockel o Cerith Wyn Evans, così come un focus ampio e ricco di opere che indagano il rapporto tra immagine e testo. Tale nucleo si è arricchito negli anni grazie anche all’acquisizione in forma di prestito a lunga scadenza di una parte della collezione “Archivio di Nuova Scrittura” del collezionista Paolo Della Grazia con opere di artisti legati ai movimenti di Poesia Visiva e Concreta, tra cui per esempio Augusto e Haroldo De Campos, Arrigo Lora-Totino, Anna e Martino Oberto, Decio Pignatari, Adriano Spatola, Emilio Villa.
Si è altresì sviluppata una certa attenzione nei confronti di artisti che conferiscono una nuova prospettiva al tempo storico attraverso la rilettura del presente con lavori di Rossella Biscotti, Deimantas Narkevicius, Simon Starling e si è instaurata inoltre una discreta presenza di opere di artisti provenienti da paesi extra- europei quali Eleanor Antin, Mona Hatoum, Kimsooja, Teresa Margolles, Santu Mofokeng, Zanele Muholi, Walid Raad.

Degno di nota è sicuramente il nucleo di circa 100 opere del collezionista Enea Righi cedute a Museion in forma di prestito dal 2008, che, sotto vari aspetti, consolidano gli ambiti già presenti in collezione come nel caso delle opere fotografiche di Francis Alÿs, Nan Goldin, Wolfgang Tillmans o del nucleo di opere di luce con Gabriel Kuri o ancora di singole personalità artistiche come Alighiero Boetti, Miroslaw Balka, Peter Friedl, Roni Horn e Gordon Matta-Clark.
In collezione, anche con acquisiti mirati a seguito di mostre personali organizzate nel museo, si è sempre cercato di mantenere un equilibrio tra presenze artistiche internazionali (Carl Andre, Isa Genzken, Raymond Pettibon, Matt Mullican, Danh Vo) e del territorio, dando spazio anche alle giovani personalità artistiche locali, grazie allo spazio espositivo a loro dedicato della project room (Vera Comploj, Nicolò DeGiorgis, Gabriela Oberkofler, Sven Sachsalber).
Museion negli ultimi anni ha consapevolmente scelto di attivare la propria collezione attraverso una serie di mostre tematiche che affrontano, di volta in volta, un argomento di rilevanza storico-artistica e stabiliscono dialoghi sempre nuovi tra le opere esistenti, così come tra queste ultime e i “nuovi arrivi”. Anche le nuove acquisizioni sono mirate a narrare e documentare la storia espositiva museale andando così a formare una logica interna della collezione, che continua a essere perseguita e che ha nella non-finitezza, nell’apertura al nuovo, ma anche nella re-visione del passato la sua forza: con l’aggiunta di nuovi lavori si introducono automaticamente nuovi modi di vedere e di percepire le opere meno recenti.